W 1946 r. przystąpiono do odgruzowywania świątyni i zabezpieczania ocalałych sklepień. W sierpniu 1947 r. rozpoczęto gigantyczną i pełną niespodzianek pracę, montowania żelbetowej więźby dachowej o powierzchni ponad 8 tys. m2, przy tym lżejszej od poprzedniej, drewnianej. Zniszczone sklepienia odtwarzano wiernie z ruchomych platform. Pierwszy etap odbudowy, obejmujący również rekonstrukcję bram i okien oraz ułożenie posadzki. zakończono uroczystym poświęceniem połowy świątyni 17 listopada 1955 r. Następnie rozpoczęto wyposażanie oraz żmudną rekonstrukcję wnętrza i konserwację poszczególnych sakralnych obiektów zabytkowych. Dzieło to do dnia dzisiejszego prowadzi Proboszcz kościoła mariackiego i jego współpracownicy, dzięki ofiarnemu wsparciu parafian i licznych turystów z całego świata.
Prace konserwatorskie wykonane w bazylice zrealizowano przy pomocy środków finansowych pochodzących z różnych źródeł, w tym ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko na lata 2014-2020, Gminy Miasta Gdańska, Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, Samorządu Województwa Pomorskiego, środków własnych parafii oraz fundatorów.