Prospekt organowy pochodzi z kościoła św. Jana. Są to organy wybudowane przez Martena Friese datowane na 1625-27 r. Pod koniec wojny dzieło, w tym oprawę plastyczną szafy organowej i chóru muzycznego oraz piszczałki prospektowe zdemontowano i zdeponowano poza Gdańskiem. W latach 70. Zabytek został przekazany do Bazyliki Mariackiej, gdzie w latach 1980-1985 przeprowadzono jego odbudowę. Wykonano prace konserwatorskie przy prospekcie organowym, wybudowano chór muzyczny, zamontowano elementy wyposażenia instrumentu. Obecnie istniejące 46-głosowe organy posiadają pełną trakturę mechaniczną. Całość materiału jest rozmieszczona przestrzennie w czterech sekcjach: Hauptwerk – 11 głosów, Brustwerk – 10 głosów, Rückpositiv – 12 głosów, Pedal – 13 głosów rozłożonych w dwóch symetrycznych wieżach pedałowych.
Elementy drewniane zostały wykonane z sosny, dębu i lipy. Program ikonograficzny znajduje się w płaszczyznach balustrady chóru. Przedstawia on starotestamentowe sceny z życia Tobiasza. Sceny wydzielają personifikacje cnót: czujność, mądrość, nadzieja, miłość, sprawiedliwość, roztropność i umiarkowanie, pobożność, łagodność i jedna niezidentyfikowana. Ponad scenami, w dolnej partii znajduje się sześć kompozycji zawierających alegoryczne przedstawienie czterech pór roku i czterech żywiołów. Pod emporą podwieszone są trzy ozdobne kartusze wewnątrz, których umieszczone są sceny związane ze śmiercią św. Jana Chrzciciela. Na zwieńczeniach pozytywu przedniego umieszczono rzeźby również symbolizujące cnoty. Na szczycie środkowej znajdują się anioł w otoczeniu personifikacji Nadziei i Miłości. Szczyt lewej wieży wieńczy anioł oraz personifikacje Mądrości i Wiary, a prawej anioł wraz z personifikacjami Męstwa i Sprawiedliwości. Szafę główną zdobią rzeźby muzykujących aniołów, na szczycie wieży środkowej jest gołębica z gałązką w dziobie. Podsufitkę zdobi 14 ośmiokątnych tarcz heraldycznych. W każdej anioł trzyma przed sobą tarczę z gmerkiem starszyzny kościelnej z 1625 roku lub pustą tarczę przygotowaną pod znaki przyszłych pokoleń. Całość jest bogato zdobiona różnymi formami dekoracji. Są to: pęki owoców, główki z podwieszoną pod brodą draperią, motyw szyszek, kaboszonów, rogów obfitości, liście laurowe, ornament małżowinowo-chrząstkowy, motywy okuciowe i akantowe.
W 2019 roku został zrealizowany I etap prac konserwatorskich obejmujący elementy konstrukcyjne i snycerskie szafy głównej. W ramach prac obiekt został m.in. oczyszczony, poddany dezynfekcji i impregnacji oraz podklejone zostały odspojone fragmenty. Wykonano prace stolarskie, korektę kolorystyki niektórych partii oraz uzupełnienie ubytków.
W 2020 roku pracom konserwatorskim zostały poddane pozytyw przedni, przedpiersia balustrad oraz podniebie.
Prace prowadził zespół konserwatorów z Torunia pod kierownictwem pana Krzysztofa Owsianego.
